মূলক কাজে আত্মনিয়োগ করিলেন—এবং তাহার জন্য একটা স্বতন্ত্র অনুষ্ঠান গঠন করিলেন, এবং তাহার নাম দিলেন, ন্যাশন্যাল প্লানিং কমিটী।
ইতিমধ্যে দ্বিতীয় মহাযুদ্ধ ভারতবর্ষের সীমান্তে আসিয়া পৌঁছাইল—এই যুদ্ধে সর্ব্ব-মনপ্রাণ দিয়া যোগদান করিবার আগে, কংগ্রেস বৃটীশ-গভর্ণমেণ্টের নিকট হইতে এই যুদ্ধে তাঁহাদের লক্ষ্য কি স্পষ্ট করিয়া জানিতে চাহিলেন।
পূর্ণ স্বাধানতার আশ্বাস ব্যতীত ভারতবর্ষ এই যুদ্ধে যোগদান করিতে পারে না—কিন্তু সে আশ্বাস যখন বৃটীশ গভর্ণমেণ্টের নিকট পাওয়া গেল না, তখন কংগ্রেস মন্ত্রীরা পদত্যাগ করিলেন।
মহাত্মা গান্ধী কংগ্রেসের কর্ত্তব্য-নির্দ্ধারণের জন্য ওয়ারর্কিং কমিটীর অধিবেশন আহ্বান করিলেন—এবং পুনরায় কংগ্রেসের সহিত আমলাতন্ত্রের এক বিরাট সংঘর্ষের সম্ভাবনা ঘনাইয়া আসিল।
কিন্তু কংগ্রেস কোন আন্দোলন আরম্ভ করিবার পূর্ব্বেই মহাত্মা গান্ধী প্রমুখ কংগ্রেস নেতারা পুনরায় কারারুদ্ধ হইলেন। সেই সঙ্গে জওহরলালও অনির্দিষ্ট কালের জন্য পুনরায় কারাতীর্থে প্রবেশ করিলেন—
প্রায় তিন বৎসর কাল কারাবাসের পর ১৯৪৫ সালের জুন মাসে তিনি পুনরায় কারামুক্ত হইলেন।