সামগ্রী দিয়ে বোঝাই করে ২৪শে সেপ্টেম্বর তারিখে কলম্বাস দ্বিতীয় অভিযানে বেরুলেন।
কিন্তু কলম্বাসের এত খ্যাতি ও প্রতিপত্তিতে একজন লোক বিশেষ উত্যক্ত হয়েছিলেন, তাঁর নাম হলো জুয়ান্ ডি ফোন্সেকা। তাঁরই ওপর এই অভিযানের খাদ্য-সামগ্রী জোগাড়ের ভার ছিল। গোড়া থেকেই ফোন্সেকা সামান্যসামান্য ব্যাপারে যেভাবে কলম্বাসের সঙ্গে ঝগড়া করতে শুরু করেন, তাতে কলম্বাস বুঝেছিলেন যে, তিনি চলে গেলে, তাঁর বিরুদ্ধে আন্দোলন করবার জন্যে স্পেনে অন্তত একজনও লোক রয়ে যাবে। কলম্বাস তাঁর এই অনুমানে যে একেবারেই ভুল করেন নি, খানিক পরেই তা প্রমাণিত হবে।
দ্বিতীয় অভিযানে কলম্বাস গোয়াডালুপ্ বলে একটা নতুন দ্বীপে নামলেন। দ্বীপের মধ্যে নেমে তিনি যে-দৃশ্য দেখলেন, তাতে ভয়ে ও বিস্ময়ে তিনি পাথর হয়ে গেলেন! দ্বীপের ভেতর যে-সব পাতার ঘর ছিল, দেখলেন, সেগুলি অধিকাংশই ভাঙা অবস্থায় পড়ে আছে, আর তার ভেতরে মানুষের মৃতদেহ পচে রয়েছে, কোথাও বা পড়ে আছে শুধু কঙ্কাল! একটা ঘরে গিয়ে দেখেন, কতকগুলো মেয়ে শৃঙ্খলাবদ্ধ অবস্থায় পড়ে আছে···তারাও মুমূর্ষু!